Pré-aqueça o forno a 350 °F (175 °C) e forre uma forma de muffin com forminhas de papel.
Em uma tigela grande, misture a farinha, o açúcar granulado, o fermento em pó, o bicarbonato de sódio e o sal.
Em outra tigela, misture o iogurte grego, a manteiga derretida, o ovo, o extrato de baunilha, as raspas de limão e o suco de limão.
Adicione gradualmente os ingredientes molhados aos ingredientes secos, misturando até que estejam combinados. Adicione os pistaches picados.
Divida a massa uniformemente entre as forminhas de muffin, enchendo cada uma delas até cerca de dois terços.
Em uma tigela separada, bata o cream cheese, o açúcar de confeiteiro e o extrato de baunilha até ficar homogêneo e cremoso.
Coloque uma porção da mistura de cream cheese em cima de cada muffin e gire suavemente com um palito.
Polvilhe o restante dos pistaches picados por cima.
Asse por 18-20 minutos ou até que um palito inserido no centro saia limpo.
Deixe os muffins esfriarem na forma por 5 minutos e depois transfira para uma grade para esfriar completamente.